自主序列比对实验报告

实验目标：零预设算法的情况下，能否自主发现双序列比对的最优匹配路径。

问题设定：给定两条各含60个碱基的DNA序列（存在突变、插入和缺失），要求找到最优比对方案。系统未被赋予任何现有的比对算法（如Needleman-Wunsch或Smith-Waterman），也不知晓“匹配得分”、“空位罚分”等概念。

方法：系统采用扩散推理网络，情绪和元认知动态调制探索与利用的平衡。

结果：经过2000步自主搜索，系统发现了一个得分为203的比对方案：

• 匹配碱基数：46
• 错配碱基数：12
• 空位数：4
• 比对密度：74%

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  D模式自主双序列比对 (生物计算)
  零预设算法，纯物理搜索
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[ConsciousnessEngine] 体感库 somatic_semantic.db 已自动附加
序列1 (长度=60):
  AGCTAACTAGCTTGCAGCTTAGCTGGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT

序列2 (长度=60):
  AGCTAGCTTGCTAGCAAGCTAGCTATCGACCTAGCTAGCGAGCTAGCTAGCTAGCTAGCT

开始自主比对（最大 2000 步）...

  [E模式] 添加新边: align_1 -> align_1 (matches=10)
  ✅ 新最优: 得分=-50 匹配=10 错配=44 空位=12 密度=0.15
  [E模式] 添加新边: align_2 -> align_2 (matches=10)
  ✅ 新最优: 得分=-45 匹配=10 错配=44 空位=12 密度=0.15
  [E模式] 添加新边: align_3 -> align_3 (matches=18)
  ✅ 新最优: 得分=29 匹配=18 错配=36 空位=12 密度=0.27
  [E模式] 添加新边: align_4 -> align_4 (matches=32)
  ✅ 新最优: 得分=121 匹配=32 错配=24 空位=8 密度=0.50
  [E模式] 添加新边: align_5 -> align_5 (matches=33)
  ✅ 新最优: 得分=124 匹配=33 错配=23 空位=8 密度=0.52
  [E模式] 添加新边: align_6 -> align_6 (matches=42)
  ✅ 新最优: 得分=176 匹配=42 错配=16 空位=4 密度=0.68
  [E模式] 添加新边: align_7 -> align_7 (matches=46)
  ✅ 新最优: 得分=203 匹配=46 错配=12 空位=4 密度=0.74

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  最终比对结果
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  比对得分: 203
  匹配数: 46
  错配数: 12
  空位数: 4
  比对密度: 0.74
  E模式记录节点数: 7
  总发现数: 7

  比对结果:
  AGCTAAC-TAGCTTGCA-GCTTAGCTGGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAG
  |||||.| | || |... ...|||||..|.|.|||||||||.||||||||||||||||||
  AGCTAGCTT-GC-TAGCAAGCTAGCTATCGACCTAGCTAGCGAGCTAGCTAGCTAGCTAG

  CT
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